Persipura menyurati LIB pada 24 Februari 2021 untuk mempertanyakan soal pengelompokan tim, besarnya hadiah dan bantuan biaya transportasi.Persipura menyebut bantuan transportasi sebesar Rp100 juta dari penyelenggara tidak dapat menutupi kebutuhan mereka untuk pulang-pergi yang mencapai Rp320 juta.
LIB menanggapi surat itu yang salah satunya menyatakan siap memberikan biaya bantuan transportasi Rp150 juta atau lebih banyak dari jumlah standar karena memperhitungkan faktor geografis dan kesanggupan penyelenggara.
Pada 5 Maret 2021, LIB mengirimkan surat undangan pengundian grup Piala Menpora 2021 kepada Persipura. Namun, tiga hari setelah itu, manajemen Mutiara Hitam menegaskan tidak bisa mengikuti Piala Menpora yang dijadwalkan berlangsung mulai 21 Maret sampai 25 April 2021 dan dibuka di Stadion Manahan, Solo, itu.